Felsőfokú tanulmányait 1955-1961 között a Magyar Képzőművészeti Főiskola festő-, illetve képgrafika szakán végezte, mesterei Hincz Gyula és Ék Sándor voltak. 1967-ben ösztöndíjjal utazott Bécsbe, 1996-ig Budapesten és Bécsben is élt és alkotott, elősegítette a hazai neoavantgárd nemzetközi kapcsolatrendszerének kiépülését.

1975-77 között vizualitás szakköri foglalkozásokat tartott a Ganz-MÁVAG Művelődési Központban Erdély Miklóssal, 1981-83 közt fotó- és filmszakkört vezetett a Szépművészeti Múzeumban. 1987-1991 között a Magyar Iparművészet Főiskolán vendégtanárként audiovizuális gyakorlatokat tartott. 1990-től a Magyar Képzőművészeti Főiskola (ma Egyetem) interdiszciplináris festőosztályában tanított docensként, 2003-tól egyetemi tanárként. 1998-ban a Pécsi Egyetemen oktatott, 1999-ben Salzburgban az Internationale Sommerakademie-n grafikai osztályt vezetett. 2008 óta professor emerita, 2013-tól a Doktori Tanács tagja. 1999 és 2002 között Széchenyi professzori ösztöndíjas volt. 1993-tól a Széchenyi Irodalmi és Művészeti Akadémia levelező, 1998 óta rendes tagja, 2017-től az Akadémia elnöke.

Grafikákat, rézkarcokat, festményeket alkot, de fotózással, filmmel is foglalkozik. Pályája organikus és groteszk formákban gazdag rézkarcokkal indult. Diplomamunkaként készült Mindennapok című rézkarc-sorozata saját jelenének szubjektív, lírai panorámája. Bár elismerték kiemelkedő technikai tudását, túlságosan modern látásmódja miatt nem kapott diplomát. 1968-ig a Képcsarnok Vállalat megrendelésére mintegy negyven kompozíciót készített, elsősorban gyárábrázolásokat és történeti jeleneteket. 1963-ban több hónapot töltött Olaszországban és Görögországban, élményeit két nagy rézkarc sorozatban (Pompei, Az este) dolgozta fel.

Maurer Dóra tevékenysége szorosan kötődik a mozgóképes kísérletezést támogató Balázs Béla Stúdióhoz is, Keressük Dózsát című, korát megelőzően interaktív, 1973-ban készült filmje a konceptuális művészet fontos, mintaadó darabja lett.

Alapfilmek válogatásunkban lehet bővebben olvasni róla. 

A filmről a Klassz program keretében oktatási anyag is készült, a diákok a film mai parafrázisait is elkészítették: 

A hetvenes évekre grafikai munkásságának középpontjába a lemezre maratott ábrázolás helyett maga a fémlemez, mint a nyomhagyás akcióját dokumentáló hordozó került. Kísérleti munkáival, a hordozó lemez formáit meggyűrve, áttörve, elmozdítva, a nyomhagyáshoz kapcsolódó cselekvéseket rögzítve a hazai konceptuális grafika alapvető darabjait hozta létre. Olyan fogalmak kötődnek a nevéhez, mint az egymást követő mozgásfázisokat rögzítő "folyamatgrafika" vagy a művészi akciókat dokumentáló "akciógrafika". Utóbbi jellegzetes típusa a "pedotípia", ami lábnyomok által alkotott egyedi nyomat. Ebben a hozzávetőlegesen 1981-ig tartó időszakban megalapozta a magyar művészi nyomtatott grafika konceptuális irányát.

A Nagyon magasról leejtett lemez című munkája során egy alumínium lemezt ejtett le egy bérház emeletéről, majd az ütközés következtében roncsolódott lemezt lenyomtatta. Akciógrafikáin a nyomtatás folyamatszerűsége kerül középpontba, a lemezt ért hatások egymást követő fázisai jelennek meg. Bujdosó Alpár költővel készített közös sorozatán (Wortspuren) a lemez alá helyezett karton betűk domborulata ölt formát, teljes szavak eltűnését és újraformálódását dokumentálja. Utolsó, Nyomtatás kimerülésig című rézkarcán hidegtűvel függőlegesen vonalkázott lemezek egymást követő lenyomatait rögzíti, azt a folyamatot dokumentálva, miként változik a lenyomat a lemez kopásával, a karcolótűvel vésett árkok ellaposodásával.

A grafikái kapcsán felvetett elméleti kérdéseket a hetvenes években konceptuális műveken, fotókon, filmetűdökön, később festményein gondolta tovább. A matematikai gondolkodás, a logika, a geometrikus rendszerek és a szerialitás jegyében készített alkotásaiba nagyon változatos anyagokat vont be, például ágakat, gallyakat, nádszálakat, melyeknek növekvő-csökkenő rendszerbe sorolásával alkotott tárgyakat. A Mennyiségtábla című művein a természeti elemek minden esetben rácsszerkezetbe vannak foglalva. A Quasi-képek sorozatán egy geometrikus raszter-rendszer valamelyik részletét kiemelte, felnagyította, s elhelyezte a síkban, később a térben is.

A nyolcvanas évek során művein színekkel megkülönbözteti és kiemeli a síkokat és a mennyiségeket, melyekhez formázott vásznakat használ. Az 1990-es évektől az addigi nyolc standard színből álló alkotásait oldottabb kompozíciós rendszerrel váltotta fel. Később a görbült síkok és a tér formáját állította művészete középpontjába. Festményeinek visszatérő motívumai és tárgyai az illuzórikusan elhajló, egymást keresztező színsíkok és színmezők.

Fotók és film segítségével a mozgások folyamatait rögzítette. Reverzíbilis és felcserélhető mozgásfázisok című fotósorozatát szabályos sorokba és oszlopokba rendezett fekete-fehér fotók alkotják, melyek úgy vannak elrendezve, hogy a sorokat balról jobbra nézve látható az ábrázolt cselekvés. Filmjeiben a média vizuális lehetőségei mellett (kép, szín, mozgás) egyéb eszközeit (zene, beszéd, zaj, szöveg) is rendkívül kreatívan használja.

Egyéni kiállítása volt már Budapesten, a Ludwig Múzeumban, Veszprémben, Bécsben, Utrechtben, Stockholmban, s olyan emblematikus kiállítóhelyeken is szerepelt, mint a New York-i Museum of Modern Art, a párizsi Pompidou Központ, a német Museum Ritter, a houstoni The Museum of Fine Arts, 2019-ben a londoni Tate Modernben nyílt retrospektív kiállítása, Együtt című alkotása díszíti a bécsi Ringturm épületét, a Vienna Insurance Group székházát.

Munkásságáért 1995-ben Munkácsy Mihály-díjjal tüntették ki, 1997-ben megkapta a Magyar Alkotóművészek Országos Egyesületének díját, 2000-ben a Soros-alapítvány képzőművészeti díját, 2001-ben a Pro Cultura Urbis-díjat. 2003-ban Kossuth-díjat kapott nemzetközileg is elismert alkotásaiért és kiállításaiért, nagy jelentőségű művészi és pedagógiai munkásságáért, 2021-ben a Nemzet Művésze címmel tüntették ki. A Forbes magazin 2022-es listáján ő a hetedik legbefolyásosabb magyar nő a kultúra kategóriában.